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听说你也在读文献

2017-07-27 Y叔 biobabble


做为生物狗,我时常不知道自己在干什么,包括读文献,费了老大劲读一篇文献,然后经常也不明白人家在说什么。懒人需要借助神器,本公众号已经介绍了好几个神器,江湖传说收集7大神器,可以召唤出paper,渡自己毕业。

拿到一篇文献,先问一句,牛逼吗?靠谱吗?

我拿ARID1A去pubmed搜,第一篇文章《ARID1A-mutated ovarian cancers depend on HDAC6 activity》为例,2017年7月24号才上线的文章,请看下图:

IMPACT这里有期刊的影响因子20分,文章在社交网站上传播指数Altmetric 54分,文章在文献管理Mendeley中被收藏2次。这是3天前的文章,所以指数还不高,试想一下,文章传播越广,收藏人数越多,必定也就越重要,这给了我们评估文章的第一印象。这是3天前的文章,所以没有引用,如果有文章引用,这个神器还会列出来呢。

注意到AUTHORS没有?如果作者有ORCID主页的话,直接链接过去,我们可以去看作者们的publication列表、教育背景、工作经历等信息,牛人为自己带盐,牛人的文章我们更愿意相信。

文章到底讲什么?

像我们这种初级段数的人,很容易掉进细节里直接晕掉。如果可以扫描全文,帮助我们总结一下,给个概貌,也不至于只见树木不见森林。

文章各种高频关键词(必须是有生物意义的词,我们可不是在学英语),上图中有Identifiers, Proteins, Species, Drugs, Compounds, Anatomical str., Disease, Enzyme等。全部给你列出来,连我这种不做wet lab的人,扫一眼,也大概了解了这篇文章,讲什么蛋白,通过什么酶和复合体,和什么疾病相关,有什么相关药物了。

请给我相关信息

比如说给出了这些蛋白,我懒啊,我不想各种数据库去搜相关信息啊,能不能帮我自动去数据库里抓信息,告诉我啊,我直接点个链接过去看就行?这个可以有!

这个重要的蛋白或其它关键词,在文章里多处描述到,能不能给我个进度条标注这个蛋白在全文中的位置,我鼠标停在上面,还给出相应位置的文本,我点击它自动跳转过去,这样的功能是不是太美好?同样可以有,请看下图:

数据库链接和功能强大的进度条,满足你所有的愿望,这是文章研究的蛋白ARID1A。下面这个图,则是和它相关的酶HDAC6。其它像疾病、药物、复合物、解剖结构、物种等各种相关信息,都可以如此定位,以及链接到相应数据库查找信息。

这么美好的东西是如何工作的?

首先它扫描全文,html和pdf都可以,帮我们总结归纳信息:

再者检索整合的数据库,富集各种相关的信息,你的阅读历史是被记录的,我们随时可以坐上时光机。

这玩意到底整合了多少资源?

谁在用?

如何拥有这神器?

访问主页http://ferret.ai进行安装,只是一个chrome插件,迷之好用,读文献如有神助!

神器系列,电梯直达

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